rbind() ne réitère que les 3 derniers résultats d'anova?

Question

J'ai écrit une boucle dans laquelle je parcourais les colonnes d'un .csv donné et faisais un test anova et posthoc. Je combine ensuite les résultats de chacun dans un cadre de données et l'exporte dans un fichier .csv. Cependant, je ne peux pas obtenir rbind() pour construire mon data.frame. Toute aide à ce sujet? Voici le script:

setwd("~/School/Lab/mice/sugar_study_2015/MG-RAST and Metagenassist/Trimmed/R. CSV") 
 
#Save your Datasheet into variable X 
 
x <- read.csv("T0_B_Class_Anova.csv") 
 

 
x = x[1:9,] 
 
x[is.na(x)] <- 0 
 

 
DF.Anova <- data.frame() 
 
DF.Tukey <- data.frame() 
 

 
#Counts through the columns 
 
for(i in 2:(ncol(x)-1)){ 
 
    columns <- names(x[i]) 
 
    
 
##Runs an ANOVA - 'Group' being a grouping factor 
 
    anovaresult <- anova(aov(x[,i]~Group,data=x)) 
 
    
 
    DF.Anova <- rbind(DF.Anova, anovaresult) 
 
    
 
    ##fix anova into data frame 
 
    Famall = colnames(x) 
 
    Famall = as.data.frame(Famall) 
 
    Famall = Famall[2:83,] 
 
    Famall = as.data.frame(Famall) 
 
    DFanovanames = rep(Famall, each = 2) 
 
    DFanovanames = as.data.frame(DFanovanames) 
 
    #install.packages("tidyr") 
 
    library(tidyr) 
 
    anovanames = data.frame(Names=unlist(DFanovanames, use.names = FALSE)) 
 
    o.anovanames = dplyr::arrange(anovanames, Names) 
 
###dont forget to change this************************** 
 
    finalanova_BFT0 = cbind(rn = rownames(DF.Anova), DF.Anova, o.anovanames) 
 
    
 
##Runs Tukeys Post-hoc test on Anova 
 
    posthocresult <- TukeyHSD(aov(x[,i]~Group,data=x)) 
 
    
 
    DF.Tukey <- rbind(DF.Tukey, posthocresult$Group) 
 
    
 
    ##fix tukey into data frame 
 
    Famname = colnames(x) 
 
    Famname = as.data.frame(Famname) 
 
    Famname = Famname[2:83,] 
 
    Famname = as.data.frame(Famname) 
 
    DFposthocnames = rep(Famname, each = 3) 
 
    DFposthocnames = data.frame(DFposthocnames) 
 
    #install.packages("tidyr") 
 
    library(tidyr) 
 
    library(dplyr) 
 
    posthocnames = data.frame(Names=unlist(DFposthocnames, use.names = FALSE)) 
 
    o.posthocnames = dplyr::arrange(posthocnames, Names) 
 
###dont forget to change this**************************** 
 
    finalposthoc_BFT0 = cbind(rn = rownames(DF.Tukey), DF.Tukey, o.posthocnames) 
 
          
 
##Prints posthoc results into txt file 
 
    print(columns) 
 
    print(anovaresult) 
 
    print(posthocresult) 
 
} 
 
    
 
write.csv(finalanova_BFT0, file="testfinalanova_BCT0") 
 
write.csv(finalposthoc_BFT0, file="finalposthoc_BCT0")

Vous pouvez trouver l'échantillon .csv here

Answer 1

En supposant que votre sortie désirée est 2 dataframes avec les résultats sommaires des deux tests différents. Vous pouvez accomplir cela avec la fonction map du package purrr et la fonction tidy du package broom. J'ai enregistré le csv que vous avez posté et l'ai enregistré comme anova-question-data.csv. Je vous recommande de vérifier que vos données sont correctement lues si vous allez utiliser setwd. Voici le code i utilisé pour obtenir les deux trames de données:

# read in the data 
df <- read_csv(file = "anova-question-data.csv") 

# create a list to loop over in the `map` call. 
loop_list <- colnames(df[,-1]) 

# create a list of data frames using the `tidy` function from `broom` 
anova_list <- map(loop_list, function(x){ 
    anova_results <- anova(aov(df[[x]]~df[["Group"]])) 

    # this tidies the results from the anova test and add a new 
    # column with the column name being tested. 
    # if bacteria is not your desired name, feel free to change it as 
    # it will not affect any of the rest of the code 
    output <- broom::tidy(anova_results) %>% 
    mutate(bacteria = x) 
}) 

# use `do.call` to bind the dataframes in anova_list together 
anova_df <- anova_list %>% 
    do.call(rbind, .) 

# repeat the exact same process only changing `anova` with `TukeyHSD` 
posthoc_list <- map(loop_list, function(x){ 
    posthoc_results <- TukeyHSD(aov(df[[x]]~df[["Group"]])) 

    output <- broom::tidy(posthoc_results) %>% 
    mutate(bacteria = x) 
}) 

posthoc_df <- posthoc_list %>% 
    do.call(rbind, .) 

Cela vous donne les deux sorties suivantes (je ne vais imprimer les 5 premières lignes):

> head(anova_df, 5) 
     term df  sumsq  meansq statistic p.value   bacteria 
1 df[["Group"]] 2 1.265562e-07 6.327809e-08 0.02650174 0.9739597  Acidobacteria 
2  Residuals 6 1.432617e-05 2.387695e-06   NA  NA  Acidobacteria 
3 df[["Group"]] 2 9.332880e-02 4.666440e-02 0.84001916 0.4768300  Actinobacteria 
4  Residuals 6 3.333096e-01 5.555159e-02   NA  NA  Actinobacteria 
5 df[["Group"]] 2 9.114521e-04 4.557261e-04 1.08994816 0.3946484 Alphaproteobacteria 


> head(posthoc_df, 5) 
      term comparison  estimate  conf.low conf.high adj.p.value  bacteria 
1 df[["Group"]]  HF-CO 2.234233e-04 -0.003647709 0.004094556 0.9829095 Acidobacteria 
2 df[["Group"]]  HFS-CO -4.903533e-05 -0.003920168 0.003822097 0.9991677 Acidobacteria 
3 df[["Group"]]  HFS-HF -2.724587e-04 -0.004143591 0.003598674 0.9747264 Acidobacteria 
4 df[["Group"]]  HF-CO 2.345822e-01 -0.355886402 0.825050849 0.4856694 Actinobacteria 
5 df[["Group"]]  HFS-CO 1.907267e-01 -0.399741917 0.781195333 0.6084817 Actinobacteria