J'ai un répertoire contenant plusieurs sous-répertoires, tous contenant un fichier nommé sample.fas. Ici, je veux exécuter un script python (script.py) dans chaque fichier sample.fas des sous-répertoires, un exporter la sortie (s) avec le nom de chacun de leurs sous-répertoires.Exécuter un script python récursivement indiquant les chemins/noms d'entrée/sortie
Cependant, le script a besoin de l'utilisateur pour indiquer le chemin/nom de l'entrée, et ne pas créer automatiquement les sorties (il est nécessaire de spécifier le chemin/nom). Comme ceci:
script.py sample_1.fas output_1a.nex output_1b.fas
j'essayer d'utiliser ces lignes, sans succès:
while find . -name '*.fas'; # find the *fas files
do python script.py $*.fas > /path/output_1a output_1b; # run the script and export the two outputs
done
Donc, je veux créer un bash qui a lu chaque sample.fas de tous les sous-répertoires (exécuter le script récursive), et exporter les sorties avec les noms de leurs sous-répertoires.
J'apprécierais toute aide.
Ok, et quels arguments passez-vous au script? Le fichier d'entrée et le fichier de sortie? Ou la sortie est-elle générée vers stdout et vous devez la rediriger vers un fichier? – rasebo
Salut @rasebo, le répertoire a cette structure: ├── script.py ├── O017_BR_RO │ └── sample.fas ├── O080_BR_SC │ └── sample.fas – Sergio
Oui, il est nécessaire rediriger la sortie vers un fichier (format * nex). En outre, les sous-répertoires ont des noms uniques. – Sergio